Muskelsvindfondens øverste myndighed er det årlige landsmøde. På landsmødet vælger foreningens medlemmer formand og næstformand samt repræsentantskabsmedlemmer.

Repræsentantskabet vælger efterfølgende en bestyrelse.

Muskelsvindfondens daglige ledelse varetages af direktøren.

Der er desuden en ledelsesgruppe bestående af de tre direktører fra henholdsvis Muskelsvindfonden, RehabiliteringsCenter for Muskelsvind samt Muskelsvindfondens indsamlingsafdeling, Handshake.

I Muskelsvindfonden er der derudover et samarbejdsudvalg, som består af ledelsesgruppen samt medarbejderrepræsentanter.

Der er i alt ca. 60 medarbejdere i Muskelsvindfonden, indsamlingsafdelingen Handshake samt Rehabiliteringscenter for Muskelsvind.

Muskelsvindfonden og RehabiliteringsCenter for Muskelsvind deler hus på adressen: Kongsvang Allé 23, 8000 Århus C.